Po odhalení záhady devátého chevronu Hvězdné brány se tým průzkumníků vydává na loď bez posádky jménem Destiny, kterou na vrcholu své civilizace vypustili Antikové. Spustili tak velký experiment, který nebyl nikdy dokončen.

Prostý průzkum se mění v nekonečnou misi, jakmile si posádka ve Stargate Universe uvědomí, že z lodi není možnost návratu na Zemi a že se musí na palubě lodi postarat sama o sebe.

Posádka cestuje do vzdálených končin vesmíru, spojuje se s dříve vypuštěnými branami, čímž plní původní misi Destiny. Má tak v dosahu Hvězdné brány, které byly za staletí umístěny, bohužel však není schopna ovlivnit navigační plán lodi. Pokud někdo zůstane pozadu, není cesty, jak se pro něj vrátit. To vše přináší možnost setkávat se s novými rasami, nepřáteli a prožívat nová dobrodružství.